アプリ公開後はkeystoreを消したり上書きしたりしてはいけません
zippaという郵便番号検索アプリを公開した後、間違えてkeystoreを消してしまったことがあります。
その後、バージョンアップしようとしたら、「署名が合わないからダメです」と出てしまい、バージョンアップできなくなってしまいました。
今考えると当たり前の話ですが。
そこで、どうしたかと言うと、新しいパッケージを作りました。
下図のように、zippaパッケージをコピーしてzippa1パッケージにしました。
AndroidManifestのpackageを「com.yatta0622.zippa」にしていたのですが、これを「com.yatta0622.zippa1」にしました。
あとはコンパイルエラー等を取り除いてください。
プロジェクトを作り直す必要はありません。
これで署名して、新しいアプリとして公開し直しました。
これがkeystoreを誤って消してしまった時の一番簡単な対処法だと思います。